То что можно было спокойно делать в 1с конфигурация Бухгалтерия, не пропустит 1С Комплексная Автоматизация
.
А именно – ручные операции.
Ситуация когда опытный бухгалтер понимает какую проводку нужно поставить при данной операции, а 1с почему-то отказывается подчиняться, по привычке вносит через операцию, дающую нужные бухгалтерские проводки.
Но КА, такое очень не любит, а точнее не принимает
, нет, кончено, операция проведется и даже отразиться в бухучете.
НО в КА не один бухгалтерский учет, в ней 3 учета:
бухгалтерский,
налоговый и
управленческий(оперативный))
и именно оперативный в ней на первом месте
, не видя данную операцию в оперативном учете (а бухгалтер ее в бухучете отразил), программа считает, что ее не существует.
Какие ошибки повлечет? 
Все зависит от того что правили, а так же где требуется автоматический расчет, а он нужен практически везде, программа будет “слепа” к данным из “ручной” проводки.
Хорошо, если это обнаружится сразу в текущем отчетном периоде и печально если значительно позже.
Берегите себя, обучите сотрудников работе в 1С КА